Les municipalités régionales de comté sont généralement administrées par un conseil composé du maire de chaque municipalité locale faisant partie de la MRC ainsi que des autres représentants mentionnés dans le décret de constitution.
Le préfet
Le préfet est le premier représentant du conseil des maires de la municipalité régionale de comté. Il est élu au scrutin secret par les membres du conseil, parmi ceux qui sont maires. Le mandat du préfet est de deux ans dans la mesure où il occupe le poste de maire de sa municipalité. Il demeure en fonction jusqu'à l'élection d'un nouveau préfet.
Le préfet suppléant
Le conseil nomme, parmi ses membres, un préfet suppléant, lequel, en l'absence du préfet ou pendant que la charge est vacante, remplit les fonctions de préfet. Le préfet suppléant est choisi parmi les maires.
Sources de financement d'une MRC
Les sources de financement des municipalités régionales de comté sont de deux ordres :
Les comités
Le conseil de la MRC de L’Islet a créé, par règlement, sept comités à qui il a délégué différentes compétences au sein de l’administration.
Le comité administratif
Le comité des délégués de comté
Le comité consultatif agricole
Le comité de la cour municipale
Le comité de sécurité incendie
Le comité de sécurité publique
Le comité de suivi du Pacte rural